Do zakresu działania Referatu Kontroli Organizacyjno-Prawnej (KE-02) należy:
opracowywanie rocznych planów kontroli wewnętrznej, w porozumieniu z Referatem Kontroli Finansowej;
kontrola organizacyjno-prawna w:
komórkach organizacyjnych Urzędu Miasta Krakowa, tj. wydziałach Urzędu Miasta Krakowa lub komórkach organizacyjnych wchodzących w skład Urzędu Miasta Krakowa na prawach wydziału,
miejskich jednostkach organizacyjnych, tj. jednostkach organizacyjnych utworzonych przez Miasto w celu realizacji jego zadań, w tym instytucji kultury, dla których miasto jest organizatorem, niewchodzących w skład Urzędu Miasta Krakowa i niebędących spółkami prawa handlowego,
podmiotach gospodarczych, tj. spółkach prawa handlowego, w których Gmina Miejska Kraków jest udziałowcem, a w odniesieniu do spółek akcyjnych jest jedynym akcjonariuszem,
innych podmiotach wydatkujących środki finansowe przekazywane przez Gminę Miejską Kraków na realizację zadań publicznych;
nadzór nad realizacją zaleceń pokontrolnych w zakresie kontroli organizacyjno-prawnej, a w uzasadnionych przypadkach przeprowadzanie kontroli sprawdzających realizację zaleceń pokontrolnych;
opracowywanie projektów wniosków lub zawiadomień do organów ścigania w przypadku, gdy wyniki kontroli organizacyjno-prawnej uzasadniają podejrzenie popełnienia przestępstwa oraz formułowanie wymaganych przepisami prawa zawiadomień m.in. do Rzecznika Dyscypliny Finansów Publicznych w przypadkach stwierdzenia naruszenia dyscypliny finansów publicznych w kontrolowanych podmiotach;
wykonywanie innych zadań zleconych przez Prezydenta Miasta Krakowa.