Do zakresu działania Wydziału ds. Przedsiębiorczości i Innowacji należą sprawy związane z rewitalizacją, obsługą inwestora, obsługą i wspieraniem przedsiębiorczości, pełnieniem roli Operatora Klastra Innowacji Społeczno-Gospodarczych oraz sprawy związane z nauką.
Szczegółowy zakres zadań wydziału określa Zarządzenie nr 3331 Prezydenta Miasta Krakowa z dnia 19.11.2021 r. w sprawie podziału na wewnętrzne komórki organizacyjne oraz szczegółowego zakresu działania Wydziału ds. Przedsiębiorczości i Innowacji