Na nieruchomościach objętych wpisem do rejestru zabytków (również na terenie zabytkowych układów urbanistycznych) zezwolenia wydaje Wojewódzki Konserwator Zabytków lub Miejski Konserwator Zabytków,
granice podziału kompetencji: https://www.bip.krakow.pl/?dok_id=28347
Miejski Konserwator Zabytków: https://www.bip.krakow.pl/?dok_id=995
Na terenach stanowiących własność lub współwłasność Gminy Miejskiej Kraków (nie oddanych innym podmiotom lub osobom w wieczyste użytkowanie) kompetencje w zakresie wydawania zezwoleń na usunięcie drzew i krzewów posiada zgodnie z art. 90 ust. 2 ustawy z dnia 16 kwietnia 2004 r. o ochronie przyrody marszałek województwa. W imieniu Marszałka Województwa Małopolskiego zadania te na podstawie upoważnienia wykonuje Dyrektor Zespołu Parków Krajobrazowych Województwa Małopolskiego adres: ZPKWM Oddział w Krakowie, ul. Vetulaniego 1a 31-227 Kraków, tel./fax 12 415 38 33, 12 415 72 21
Na terenach prywatnych zakwalifikowanych w miejscowym planie zagospodarowania przestrzennego jako las lub w przypadku braku miejscowego planu zagospodarowania przestrzennego, oznaczonych jako Ls zgodnie z klasyfikacją gruntów, zezwolenia wydawane są przez:
- Prezydenta Miasta Krakowa (działający jako Starosta) na terenie Dzielnicy Podgórze, Krowodrza i Nowa Huta
Nadzór nad lasami prywatnymi położonymi na terenie ww. jednostek ewidencyjnych sprawuje w imieniu Prezydenta Miasta Krakowa jako Starosty, Zarząd Zieleni Miejskiej w Krakowie, ul. Reymonta 20, 30-059 Kraków
- na terenie Dzielnicy Śródmieście - brak jest takich terenów,
natomiast na terenach lasów komunalnych drzewa usuwane są zgodnie z planem gospodarki leśnej.
na usunięcie drzew i krzewów rosnących między linią brzegu a wałem przeciwpowodziowym nakaz usunięcia wydaje właściwy organ Wód Polskich,
na usunięcie drzew i krzewów rosnących na wale przeciwpowodziowym oraz w odległości mniejszej niż 3 m od stopy wału, nakaz usunięcia wydaje właściwy organ Wód Polskich
na pozostałych terenach zezwolenia wydaje Prezydent Miasta Krakowa