Miejski Ośrodek Pomocy Społecznej w Krakowie jest samodzielną jednostką organizacyjną, działającą jako wyodrębniona jednostka budżetowa Gminy Miejskiej Kraków.
MOPS w trakcie roku budżetowego funkcjonuje w oparciu o roczny plan dochodów i wydatków, który zawarty jest w uchwale Rady Miasta Krakowa w sprawie budżetu Miasta Krakowa.
Wstępna wysokość środków na zadania systemu pomocy społecznej określana jest przez Prezydenta Miasta Krakowa.
W oparciu o cele zawarte w Strategii Rozwoju Krakowa, przeprowadzone analizy, zgromadzone dane, określane są zadania budżetowe, w ramach których formułowane są cele szczegółowe.
Za realizację poszczególnych przedsięwzięć, sporządzenie i dekretowanie dokumentów płatniczych, stanowiących podstawę dokonywanych księgowań, przygotowanie okresowych sprawozdań i informacji dotyczących stanu ich realizacji, odpowiedzialne są komórki merytoryczne MOPS.