Najwyższym odznaczeniem Miasta Krakowa jest medal „Cracoviae Merenti”. Przyznaje je Rada Miasta Krakowa na wniosek Komisji Medalu w uznaniu szczególnych zasług dla Miasta Krakowa. W skład Komisji Medalu „Cracoviae Merenti” wchodzą: Prezydent Miasta Krakowa (jako Przewodniczący Komisji), Metropolita Krakowski oraz Rektor Uniwersytetu Jagiellońskiego. Medal ustanowiono w 1992 r. i początkowo miał on dwie klasy: złotą i srebrną. W roku 1998 przyjęto dodatkową kategorię i ustanowiono medal brązowy. Rada Miasta postanowiła też, że podczas kadencji może wręczyć: jeden medal złoty (tylko dla instytucji), trzy srebrne oraz sześć brązowych.
Złoty medal „Cracoviae Merenti” oznaczony numerem pierwszym przyznano Jego Świątobliwości Janowi Pawłowi II (Uchwała Nr XCIII/610/93 z 24 września 1993 roku). Do tej pory wręczono w sumie 7 medali w tym kolorze.
Srebrny medal „Cracoviae Merenti” oznaczony numerem pierwszym przyznano Krzysztofowi Pendereckiemu (Uchwała Nr XCIX/644/93 z 10 grudnia 1993 roku). Do tej pory wręczono w sumie 36 medali w tym kolorze.
Brązowy medal „Cracoviae Merenti” oznaczony numerem pierwszym przyznano Kazimierzowi Fuglowi (Uchwała Nr CXIX/1054/98). Do tej pory wręczono w sumie 44 medali w tym kolorze.